在阿坝州农科所后山的变叶海棠居群内,具有形态变异较为稳定的类型B,该类型与小金海棠极为近似(Cheng et a.l, 2002),小金海棠的核型与阿坝四倍体变叶海棠极相近,特别是那条具最小染色体很相似(梁国鲁和李晓林, 1993),在变叶海棠×陇东海棠的四倍体杂种中,出现了在形态特征和核型都与小金海棠很相近似的植株(成明昊等, 1992)。AFLP分析表明,变叶海棠居群中分化出的似小金海棠的植株、变叶海棠×陇东海棠(似小金海棠)和小金海棠三者的BS值较大和相似性系数都较高,这些研究表明小金海棠与变叶海棠和陇东海棠有较近的亲缘关系;小金海棠的谱带来自于变叶海棠和陇东海棠的部分叠加,这种谱带的叠加不是来自它们共同的祖先,因此小金海棠可能是变叶海棠的某一类型和陇东海棠的自然杂交种。

小金海棠主要分布在岷江—大渡河带,该地区有陇东海棠、花叶海棠、马尔康海棠(M. maer-kangensis)和变叶海棠的分布,而且是变叶海棠多样性的分化中心,也是陇东海棠系的分布中心。此外,还有滇池海棠(M. yunnanensis)、河南海棠(M. honanensis)、西蜀海棠(M. parttii)、湖北海棠(M. hupehensis)、垂丝海棠(M. halliana)和三叶海棠(M. sieboldii)等种类的零星分布。不同物种汇集,无疑是物种分化以及种质渗入十分活跃的地带(蒋舜媛和李朝銮, 1997)。小金海棠的形态特征、细胞学特征和分子生物学特征又与变叶海棠和陇东海棠有明显的区别,并具有独立的地理分布和无融合生殖特性,是可识别的自我繁殖类群。Stace (1986)认为,如果这个杂种成为独立的、可识别的自我繁殖单位(self-reproducing unit),那么它实际上就是一个分开的种。因此,从目前的研究证明小金海棠是变叶海棠物种分化及陇东海棠种质渗入所形成的多倍体杂种。